Mal ein wenig Theorie vorweg -
der Neon 2nd hat als Schaltwagen ein Wegfahrsperrenmodul (SKIM - Sentry Key Immobilizer Module), ein Motorsteuergerät (PCM - power-train control module), bei 4-Gang Automatik noch ein Getriebesteuergerät (TCM - Transmission Control Module), ein Fernbedienungsmodul (RKE - remote keyless entry), Kombiinstrument oder auch Tacho ... (cluster) und ABS (sofern vorhanden), Airbags etc.
Im SKIM sind gespeichert - VIN (vehicle identification number), Schlüssel (Transponder), PIN-code
IM PCM - VIN, Laufleistung, Verbindung zu einem bestimmten SKIM, bestimmte Fernbedienungen (das muß ich nochmal verifizieren, aber ich glaub es fest), Alarmfunktion
Im Tacho - Laufleistung, Verbindung zu diversen Modulen, sofern vorhanden, wie Airbags, ABS, Autostick etc.
zum Tacho:
Die Laufleistung im Tacho wird nicht vom Steuergerät gezogen, falls man es umbaut. D.h., wenn man sich einen Tacho mit 20.000 km drauf einbaut, hat man quasi schon die Laufleistung gefälscht. Um das zu verhindern, gibt es je nach Bauart des Tachos den Hinweis darauf, daß der Tacho nicht zu diesem Wagen (resp. Motorsteuergerät) gehört, indem eine Kontrollampe dauerhaft leuchtet. Zudem gibt es Fehlercodes, wenn einzelne Module nicht vorhanden sind, die der Tacho (er ist halt smart 
) erwartet.
Bedeutet - baut man einen Tacho aus einem Neon mit ABS in einen ohne (ja, das gibt es - Grauimporte oder "echte Amis" mitunter), gibt es einen Fehlercode aus.
Mit dem DRBIII Programmer (hat der freundliche Händler) kann man einen Menüpunkt "initialize Cluster" (oder so ähnlich) aufrufen, und den Tacho (auch einen gebrauchten)quasi initialisieren. Weiß jetzt nicht, ob der km-Stand dann angepasst wird. Aber auf jeden Fall (heißt es), "guckt der Tacho dann", was an Modulen vorhanden ist und es gibt dafür dann keine Codes mehr.
Sinnvoll z.B. wenn man Autostick nachrüstet, oder einen gebrauchten Tacho verbaut.
Die Skalen sind mitunter verschieden ausgeführt (240km/h, 280km/h, 120 miles, 140 etc.)
Man kann also nicht immer weiße Skala gegen schwarze tauschen.
Die angezeigte Laufleistung läßt sich nicht ohne weiteres manipulieren. Soweit ich recherchiert habe, bei den weißen einfacher, mittels eines bestimmten Tachokorrekturgerätes (nenne ich es jetzt mal), aber man muß den Tacho ausbauen und Drähte an bestimmte Punkte auf der Platine legen. Bei den schwarzen geht auch das nicht, da muß man das Eeprom auslesen und überschreiben. Anderes ist mir nicht bekannt ...
Das SKIM ist, wie es ist. Im täglichen Leben merkt man nicht viel davon. Im Gegensatz zu den 1st, wo das Wegfahrsperrenmodul gerne mal den Geist aufgab, und nichts mehr ging (außer mit dem Aderntrick 
), funktioniert es einfach.
ABER... wenn man per DRBIII das SKIM braucht, muß man zwingend die korrekte PIN haben. Diese wird bei explizitem Zugriff auf das SKIM abgefragt. Gibt man sie falsch ein, muß man eine Stunde warten (oder so, k.A. ich hatte die richtige).
Die PIN hat in USA der Erstkäufer wohl genannt bekommen, bei uns eher nicht.
Der Händler kann die PIN anhand der VIN abfragen, kostet aber meistens einen Obolus. Es gibt auch Auslesegeräte, diese kosten aber rund 100 € und man muß an das Eeprom dran (bei teureren geht es wohl auch so, aber selbst der Hunni ist für "nur ein Modul" teuerer, als den Händler zu bezahlen).
Per DRBIII kann man dem vorhandenen Steuergerät im Wagen auch ein neues SKIM anlernen. M.E.n. "zieht" sich das SKIM dann die VIN vom Motorsteuergerät.
Im DRBIII gibt es dafür definitiv einen Menüpunkt !
Will man neue Schlüssel anlernen, muß man auf das SKIM zugreifen. Dort können auch alte Schlüssel gelöscht werden.
Hat man zwei gültige Zündschlüssel (also dem SKIM bekannte), kann man weitere Schlüssel auch mittels einer Prozedur auch selbst anlernen (muß ich aus dem us- Forum nochmal rauslesen).
Will man ein anderes PCM (neu oder gebraucht) einsetzen, muß man es dem SKIM "bekannt" machen, sonst gibt es nur ein sog. "start and stall". Also, genau wie bei einem ungültigen Schlüssel: Er geht kurz an und gleich wieder aus.
Das PCM - steuert den Motorlauf anhand der verbauten Sensoren und einiges mehr.
Will man es tauschen, muß man tunlichst darauf achten, eines zu bekommen, das exakt die im Wagen verbaute Konfiguration kennt. D.h. ein PCM vom Neon mit manuellem Getriebe in einen mit Automatik, oder umgekehrt, kann zu Problemen führen. Zumal es auch je nach Baujahr unterschiedliche Ausführungen gibt - 3-Gang Automatik, 4-Gang-Automatik, 2.0 Liter, 1.6 Liter, R/T, NGC (new generation computer = gleich völlig andere Stecker [die gibt es auch bei uns - in USA deutlich am Facelift = SXT zu erkennen, bei uns ab 2003/ 2004, wenn das 3-Speichen-Lenkrad verbaut ist z.B.])
1999 bis 2003 zwei Stecker "von oben", 2003 bis .. 3 (bei manuellem Getriebe) oder 4 Stecker auf dem Rücken des PCMs
Bei der 3-Gang Automatik wird durchaus auch das Getriebe mit angesteuert, aber nur rudimentär. Weiß den Stecker/ die Fuinktion gerade nicht.
Bei der 4-Gang gibt es bis 2003 ein separates TCM, ab 2004 ist es integriert.
Bei R/T wird der elektrisch verstellbare Einlaßkanal gesteuert.
Bei SRT gibt es Serie (stage 0) original, von Mopar stage 1, stage 2, stage 3, von Syked noch Derivate (oder Kopien ??) davon, die unterschiedliche Performance bieten.
Um das PCM zu tauschen, muß man, damit der Wagen läuft, dieses mit der richtigen VIN bestücken und dem SKIM bekannt machen. (In USA gibt es auch PCMs, die ohne SKIM laufen, weil schlichtweg kein SKIM eingebaut war. Hat man so eines, darf es nicht mit dem SKIM gekoppelt werden, sonst geht es nicht mehr ohne SKIM).
Mit dem DRBIII kann man die Laufleistung auslesen, allerdings nur in einer Bandbreite von 100 Meilen oder so ähnlich. Das geht dann als Frage, ob der im Tacho angezeigte Stand im Bereich von bis liegt. Hat allerdings keine Konsequenz und kann mit dem DRBIII bei Bedarf angepasst werden.
Ob er auch nach unten korrigiert werden kann, hab ich noch nicht probiert, nach oben jedenfalls schon.
Hat das PCM die richtige VIN, aber das falsche SKIM, sollte der Wagen eigentlich nicht laufen (noch nicht getestet). Bei den stage 1 bis 3 sollte es mit einem Fehlercode getan sein (P0633 SKIM Key Not Programmed in PCM), aber trotzdem der Motor laufen. Man kann PCMs auch "flashen" lassen. Dann sollte es wohl möglich sein, seine VIN gleich einzuprogrammieren,aber ob das außer bei den SRTs dann ohne hinterher das SKIM auch einzustellen läuft ...
Das PCM zieht sich die VIN vom SKIM, wenn man per DRBIII "replaced PCM" auswählt; auch bei Einsatz eines gebrauchten PCMs, wo bereits eine andere VIN drinsteht (jedenfalls getestet mit stage 1 PCM).
Kommen wir zum Wesentlichen - der freundliche Händler ist offenbar häufig nicht willens oder fähig, das eine oder andere zu tun. Oder sie wissen es schlichtweg nicht.
Will man z.B. das PCM tauschen, heißt es oft: "Das können wir nicht, das muß geflasht werden."
Das ist allerdings so nicht ganz/ immer richtig.
Der einfache Weg ist, SKIM, Zündschloß mit gültigen Schlüsseln und PCM komplett zu tauschen. So werden oft PCMs angeboten.
Tauscht man alle diese Komponenten, läuft der Motor und gut.Ist aber aufwändig und wenig elegant, zumal die VIN dann falsch ist. Vielleicht meckert der TÜV, keine Ahnung. Meist wird es egal sein.
Der elegantere (alle Schlüssel und Schlösser bleiben erhalten) wäre: SKIM PIN besorgen, Zugriff auf einen DRBIII kriegen, Menüpunkt 7 (Theft Alarm), Punkt 2 SKIM/SKREEM, dann Miscellanious -> PCM replace
Dann wird man darauf hingewiesen, daß die VIN nicht passt und sie wird, wenn man möchte, per Bestätigung automatisch vom SKIM ins PCM geschrieben.
Das geht definitiv auch mit einem gebrauchten stage 1 PCM.
Anschließend habe ich z.B. das serienmäßige stage 0 PCM verwendet, um heimzufahren, zu Hause dann auf das stage 1 getauscht und alles hat vor wie nach funktioniert, ohne Fehlermeldung.
Bedeutet also offenbar, daß die VINs übereinstimmen müssen zwischen SKIM und PCM; das verwendete PCM muß das SKIM kennen, das SKIM muß den Schlüssel kennen und dann läuft die Kiste.